Omití unos parámetros que estaban en los datos primarios pero que no son de utilidad para el usuario final, ¿Esto habría que especificarlo en el metadato?

No es necesario. En la sección “control de calidad” del metadato debes incluir la información acerca de los parámetros que "si" están en la matriz de datos normalizados, es decir, la metodología del muestreo, la instrumentación y plataformas utilizadas, el procesamiento y control de calidad, así como inconvenientes que se hayan presentado durante el muestreo (p. ej. Daño en el winche oceanográfico).